果汁一般分为澄清果汁和混浊果蔬汁，其加工的工艺流程为：预处理(挑选、清洗、破碎、热处理)—取汁—粗滤—成分调整—精滤—均质脱气—浓缩—杀菌—灌装。
在预处理过程中要注意，对农药残留较多的果蔬，清洗时可加用稀盐酸或脂肪酸进行处理;对于微生物污染，可用一定浓度的漂白粉或者高锰酸钾溶液浸泡，然后清水清洗。
在果汁澄清中有几种方法可以达到澄清目的，酶法，明胶—单宁法，酶—明胶法，硅藻土法等。值得注意的是，在使用酶法的时候，一般果胶酶的适用PH值为4.5～5.0，温度为50℃，如果是葡萄汁加工，还要进行专门的除酒石。
果蔬汁浓缩分离设备的果汁的调整混合，即调配过程。包括糖度的调整，固酸比的确定，维生素C的添加等。使最终产品达到一定的规格，是对最终产品的营养、口味、色泽起决定性的一步。在生产混浊果汁的时候还必须对果汁进行均质，防止固液分离、分层，促进口感更细腻。为防止果汁氧化变质，还需对果汁进行脱气，除去前处理过程中混入的大量氧气、二氧化碳和氮气。果汁浓缩一般都采用降膜式浓缩，而且需要在真空状态下，低温、快速、高效的浓缩，在确保这些条件达到的情况下，使浓缩锅实现最大节能化，以降低生产成本。在浓缩的过程中，通常需要对果汁进行芳香回收，苹果汁芳香回收率一般在8%～10%，葡萄汁和橙汁在26%～30%。
果汁分离浓缩的果汁杀菌灌装，大多数澄清果汁都是进行热灌装，灌装后再对产品进行隧道式杀菌，一般在85℃～95℃进行15分钟到30分钟的杀菌。对于混浊果汁一般采用高温短时杀菌，因为混浊果汁加热时间过长容易产生煮过味，而且色泽和香味损失也比较大。杀菌后迅速降温再进行后续包装。
