2015年上半年，宁波市公安局在工作中发现，有人向宁波地区非法销售境外书籍。经查，这些书籍是从广东通过快递邮寄至宁波。进一步调查发现，广东的胡某(林荣基女友)有通过快递公司向各地大量邮寄境外书籍的嫌疑。据相关购书人反映，通过快递渠道收取的境外书籍都是向香港铜锣湾书店购买的，还提供了该书店的网上、电话购书途径和收取书款的内地银行账号。
2015年9月，宁波市公安局成立专案组对铜锣湾书店店长林荣基等人以涉嫌非法经营罪立案侦查。
“都是很煽动性的书，标题越可怕的话，销量就越好。从我的角度看，这个书搞的太烂，看过的人现在都不看了，因为知道是假的。”在《环球时报》得到的一份林荣基受审期间的同步录像里，林荣基这样评价自己书店销售的图书：“都是拼凑的，他(写手)本来什么都不会，看见那个书外面好卖，晚上下班就自己花时间，在网上把东西拼凑下来，然后找一些杂志、新闻报道，大概一个月时间出一本书。但是你想不到，那个烂书搞出来可以卖3000本!”
经侦查，2012年9月28日，林荣基因非法携带24件出版物入境被罗湖海关行政处罚。之后，为逃避监管，林荣基等人采取伪装封面等手段，将内地购书人通过网上、电话购买的书籍从香港直邮给购书人或先邮寄给境内胡某等人再转寄至购书人，并通过内地银行账号收取售书款。林荣基按约定向胡某等人支付转寄费用及报酬。记者从同步录像中看到，《在最好的时候遇见你》、《成均馆》等一本本外表看来很正常的书，将封面拆下后，内页惊悚的字眼瞬间映入眼帘。
“我先把书改装好，比如通过广东一个朋友，就先用挂号的方式把书发给她，她没事的话就会收到书。书上有个挂号码，她通知我书已经收到了，我然后就发一个挂号码通知她，这个挂号码是配哪个收件人的。她就按我的意思，把书通过快递再寄过去，其实很简单的。”林荣基在受审期间这样描述他向内地销售图书的方式，此前，他也曾因带书到内地被海关查获，“我当时是带了三包左右的书，过深圳海关帮人寄书，遇到海关抽查，书就被没收，海关对我做出一个警告，告诉我以后不能带书过关邮寄。我后来才知道，没有出版书号是不允许在国内发行零售的。”
林荣基女友哭诉被骗：像认识一个魔鬼
作为林荣基向内地销售非法书籍链条上的重要一环，胡某在此前接受媒体采访时向记者控诉了自己被林荣基欺骗的过程：37岁的胡某长期在内地打工，2014年与林荣基通过网络相识，一个月后两人在深圳约会并确立关系。“林荣基当时告诉我，他在香港有老婆，但他们关系很不好，让我等他两年，他尽快和老婆离婚再跟我结婚，还承诺帮我的孩子定居香港。”
如今回想，胡某如梦初醒，认为林荣基说的全是谎言，“他跟我介绍书店生意，反复对我洗脑，目的就是让我帮他转寄书籍。但他从没跟我说过，寄售这些书是触犯内地法律的。”
胡某说，认识8、9个月后，林荣基就让她邮寄书籍。“当时我问他这种行为是否合法，他说没问题。后来我才知道他因这类事情被海关处罚过，肯定知道这是违法的。”
因为邮寄单上显示的均是胡某地址，2015年10月，宁波公安机关据此将胡某抓获。“觉得他这个人很会去用不同的手段去利用别人，和他认识就像认识一个魔鬼一样。”胡某这样评价林荣基的作为。
《环球时报》了解到，至案发，仅胡某转寄的出版物就达368单，相关内地银行账户收取的书款达40余万元。林荣基等人对上述犯罪事实供认不讳。根据最高法关于审理非法出版物刑事案件具体应用法律若干问题的解释第11条、第12条，林荣基等人的行为已经触犯了刑法第225条第4项之规定，涉嫌非法经营罪。
2015年10月17日至24日，犯罪嫌疑人林荣基等人在深圳、东莞被公安机关抓获并刑事拘留，之后被宁波市公安局监视居住。