大明洪武年间，双鱼城建成之后，随着部队进驻，很好地发挥了守护一方的功能，同时，因为军屯制度的实行，即部队兵员战时作战，闲时农耕自给，客观上促进了当地经济发展。
据研究表明，守御千户所的功能重在守御，倭寇随时来犯，守境安民是一项长期工作，而维持长期军事补给则依靠军事屯田耕种自给，这就是天才的农民领袖朱元璋大力推行的军屯制度，它与卫所制度并轨双行，构成了大明王朝基本的军事制度框架。卫所分为内陆所和沿海所，任务各有侧重。当时海内承平，故内陆所三分守城，七分屯田，重在发展生产；由于倭寇的存在，海氛未靖，沿海所的任务则倒过来，七分守城，三分屯田，军事防御的担子要重很多。
至于双鱼城，守卫的任务或许更重。其时粤西沿海，除了海面不靖，龙高山上的流寇、山贼，也让人十分头疼，大大就加重了双鱼城的军事压力。明朝的卫所是军队基层组织，大致5600人为一卫，1120人为一千户所。其时划给双鱼城的守御范围为东起马牳石，与广海卫下属海朗所辖区交界，西至北额港，与神电卫下属莲头寨辖区交界。过百公里的海岸线，一千多人的海事力量显然是不够的，必须要额外增加兵力。据道光《广东通志》载，万历二十八年（1600），增设双鱼水寨，作为双鱼城军事力量的补充。顾炎武《天下郡国利病书》中有《冒起宗双鱼寨所图说》一篇，详细记录了双鱼水寨情况，全文摘引如下：
冒起宗双鱼寨所图说双鱼寨设有寨城一座，内置发汛公署及寨署、哨捕、兵房，守险之制，亦云密矣。兵船一十二只，官兵四百四十四名，左哨派守双鱼港内，通双鱼所城，港门两山对峙，铳台三座，复有东山官兵据险而守，贼未敢卒犯也。去寨八里，则有双鱼所城，离阳江县一百七十里，离电白县九十余里，声援辽旷，实为边海孤城，外洋势难遥控，觉察责在瞭军。每岁春汛，除督发双鱼一哨官兵外，又例调东、西两山各营兵协守所城并一带海岸；若冬汛，则止双鱼一哨，虚应故事矣。右哨派守丰头港，与海朗寨接界，港内篢通织篢圩，五里余，则至太平驿，防奸缉盗，未可刻疏。况龙高山夙号盗薮，山势延绵，路通双鱼信海，奸宄窥伺疏防，常驾客船藏盗出入相应。严饬海朗会哨分防，毋以一港为秦越可也。
双鱼水寨坐落于双鱼城东八里处海滨，应为今石门、河北一带，其时称双鱼港。作为纯粹的军事设施，水寨设有寨城及军事专署，炮台架起三门火炮据险守住港口，兵员440名，兵船12只，分为左右两哨。一哨兵驻防水寨，协防守卫双鱼城；一哨兵驻扎丰头港，沿丹江协防守卫太平驿。
春汛时，来自海上的倭寇威胁很大，双鱼城需另调用东西两山驻扎的陆军，帮助守城。当时在统治阶级高压统治下的一些贫苦渔民、农民被迫沦为海盗、山贼，啸聚在龙高山上，也是双鱼城防御的主要对象，比如明清之交，流寇李积凤驻扎龙高山，并控制丰头港，就与双鱼城多次交兵，可见当时双鱼城抗倭防寇的压力很大。这些只是基于“守御”，而一旦发现大规模敌军集结，则需要地方政府或中央调集更多兵力进行剿灭。
据《电白县志》和《阳江县志》，隆庆五年（1571）十二月二日，倭寇200余人自阳江、电白间海岸登陆，焚烧军民船只，在电白庄垌一带集结，最后攻陷神电卫。肇庆府丞郭文通率师前往征剿，遇倭于电白红花根，兵败。后总兵张元勋率军来援，与倭战于儒洞、电白之间，大捷。是役，把总娄龙、麦胜等37人死于难。
据《苍梧总督军门志》，万历二年冬，倭寇犯双鱼。由于“双鱼为临海孤城，援寡兵孱，守者见倭骤薄城下惶乱自经，人心失持，遂为倭所据”。总督殷正茂震怒，分三路大军围剿：一路由总兵张元勋、监军副使赵可怀发自新会；一路由岭西守巡参政刘志伊、佥事石磐发自肇庆；一路由参将梁守愚发自阳江。各路兵马会攻倭寇，预料到倭寇败退时从海上无船，必从陆路逃窜，乃设兵于儒洞以待。果不其然，倭寇败走儒洞，被伏军夹击，一战于蓝水，再战于施村，所向无前，大收克捷。共计擒斩倭寇812名，夺回被拐男女600多人。
万历后期，随着倭患基本平息，双鱼城的军事功能有所弱化。据万历《广东通志》载：“原旗军一千一百二十名，今（万历年间）旗军二百八十五名，余丁一百八十九名”。可见根据当时的卫所制度，双鱼城在抗倭和防盗过程中，针对敌情变化在派驻兵士的数量上不断调整。此外，明清时期，除了防范倭寇，龙高山上山贼的存在，也对双鱼城构成很大威胁。清朝，据《广东海防汇览》卷三十记载，水师阳江镇总标右营千总驻扎于双鱼所。考阳江镇水师总兵设于嘉庆十五年（1810），终于光绪十四年（1888），由此可见，双鱼城从洪武二七年建城，一直到清末，这里都驻扎着部队，肩负起守土一方的重责。
文字/冯家庆
